安倍晋三首相は地震発生１分後の午前９時４３分、東京・富ケ谷の私邸で秘書官から一報を受けると「災害の状況把握を直ちに行い、住民の安全、救助に万全を尽くすように」と指示。首相官邸の危機管理センターには、２分後の同９時４５分に対策室が設置された。

　首相や閣僚の多くが自宅にいる日曜日の午前中の地震発生だったこともあり、おおむね閣内の連絡は迅速に行われたようだ。対応は、１９９５年の阪神大震災の教訓などを踏まえて作った官邸の危機管理対応マニュアルに、ほぼ沿ったものだったという。

　溝手顕正防災担当相は２５日朝、広島市長選の自民党推薦候補の出陣式に出席していたが、すぐさま空路で都内に戻った後、自衛隊機などで現地に向かった。同日夕、溝手担当相が石川県輪島市入りすると、首相は「地元自治体と連携し適切に対応するように」と指示した。

　官邸には地震発生から間もなくして、野田健内閣危機管理監、塩崎恭久官房長官らが相次ぎ到着。首相は、約２時間後の午前１１時４０分、私邸から官邸に隣接する公邸に移ったが、官邸の執務室に入ることはなかった。

　塩崎長官は同日午前の緊急記者会見で「首相の公邸入りが遅かったのではないか」との質問に対し「情報をまず収集するように指示をして、その状況をみながら動いているということだ。特に（問題は）なかった」と説明。午後７時前、私邸に戻った首相も、記者団に「（危機対応は）問題なかったでしょう」と述べた。

　今回の対応が適切だったのかの評価は、地震の被害の全容が明らかになり、ライフライン復旧などの作業が軌道に乗る２６日以降になりそうだ。